Du hast Recht, das Thema Mikroklima hatten wir hier auch schon ab und an und ich muss gestehen, dass ich dir nur eine sehr unsichere Antwort geben kann. Der Boden in der Natur ist ganz und gar nicht steril, aber die Bedingungen für Schädlinge (z.B. einige Milben oder Schimmelpilze) sind in einem Formicarium derart optimal, dass es schon gefährlich für deine Kolonie werden kann, wenn du sie einem solchen Umfeld aussetzt, denn sie sind da sehr empfindlich, vor allem, wenn die Kolonie noch sehr jung und demzufolge klein ist. Du solltest aber die Tiere auch nicht in ein Formicarium setzen, was du erst gestern eingerichtet hast, denn dann könnten die genannten Folgen auftreten. Jeder erfahrene Halter wird dir aber raten, die Erde zu "entkeimen", bevor du sie verwendest. Mein Formicarium z.B. ist bereits eine Weile voll eingerichtet, bevor ein Volk einzieht, damit sich ein solches Mikrogleichgewicht von allein einstellen kann... so zumindest die Theorie.
Wenn du die weiblichen Geschlechtstiere nicht entnimmst, werden sie sehr wahrscheinlich getötet, es sei den du hast polygyne Arten (also mit mehreren Königinnen), die zudem auch noch Inzucht betreiben (bei z.B. sog. "Pestants" wie Monomorium pharaonis ist das belegt), dort entwickeln sich diese Königinnen gar prächtig (zum Leidwesen derer, die die Biester im Haus haben!!!) Diese Arten sind zur Haltung aber absolut nicht geeignet! Niemand, der bei klarem Verstand ist, denkt auch nur im Traum daran, sie zu halten.
Normalerweise merken die Ameisen, wenn es Zeit für die Winterruhe ist (Lichtverhältnisse, Temperatur,...) und verziehen sich von allein ins Nest.
Edit:
Da war mal wieder einer schneller