Hi Anthusiast, herzlich Willkommen auf Ameisenhaltung.de! 
1) ist dieser hügel (vorgebohrter eingang liegt ca. 15mm unter der spitze des hügels) normal?
Normal ja, aber gewünscht vermutlich nicht. Für mich sieht es so aus, als wäre die Kolonie in den Bodengrund der Arena gezogen, statt in die dahinter liegende Farm. Korrekt? Gerne korrigieren, wenn mein Eindruck täuscht, denn auf Fotos lässt sich das manchmal nicht 100% einschätzen. Oder ist die Farm unten zur Arena auch offen und die graben sich von unten nach oben?
Effektiv ist das aber nicht verwunderlich, da das Material in Arena/Farm quasi das selbe ist (Sand oder eine Sandmischung). Die Ameisen haben aber keine Lust, mühselig das Glas hochzuklettern in die Farm hinein (Messor können ohnehin nicht so gut an Glas klettern), daher haben sie halt einfach dort gegraben. Lange Rede, kurzer Sinn: Du hast jetzt - wie es für mich aussieht - ein Erdnest. Das ist auch schön dunkel (im Gegensatz zur Farm, die in deinem Fall nicht gesondert abgedunkelt ist)
2) so wie es aussieht haben sie den eingang auch zugemacht, ebenfalls normal?
Ameisen in der Haltung leben einfach genau die Instinkte, wie in der Natur. Eine so kleine Kolonie ist ein gefundenes Fressen für konkurrierende Ameisenkolonien oder andere Fressfeinde. Lässt es sich machen, so wird der Zugang zum Nest minimiert, damit Feinde erstens nicht so leicht darauf aufmerksam werden und zweitens lässt sich ein schmaler Zugang naturgemäß besser verteidigen. Auch in der Winterruhe verschließen viele Ameisenkolonien ihre Nester komplett, um vor der Witterung geschützt zu sein. Teils wird das auch bei Regen gemacht, damit kein Wasser eindringt.
Auf deinen Fotos sieht man einen ausreichend großen Nesteingang, durch den im Prinzip sogar die Königin durchpassen würde (die Tiere können sich erstaunlich schlank machen, wenn es darauf ankommt).
3) aufgrund der neuerstellung des formikariums und der dazugehörigen befeuchtung hat es nun um die 80% Luftfeuchtigkeit in meinem würfel, ist das ok? War das der grund, dass sie aus dem RG ausgezogen sind?
Messor barbarus ist eine robuste, genügsame Art, die 80% werden sie selbst kaum stören. Das Hauptproblem an sehr hoher Luftfeuchtigkeit ist eher, dass das Substrat im Formicarium (also hier der Sand) hygroskop ist, er zieht also Wasser an. Über die Zeit wird er damit feucht. Dort gelagerte Samen/Körner fangen dadurch an zu keinem und werden für die Ameisen unbrauchbar.
Der Grund, warum sie aus dem RG ausgezogen sind, ist ganz einfach: Ameisen hassen Reagenzgläser! 
Nur besonders nesttreue Arten bleiben selbst unter den widrigen Bedingungen eines Reagenzglases freiwillig darin. Das dürfte dich vermutlich überraschen. Aber Reagenzgläser sind als (Dauer)Nest eher ungünstig und grundsätzlich erstmal für den Transport gedacht und für den Halter praktisch.
Aber für die Ameisen... Die "Kammer" in einem Reagenzglas ist ihnen viel zu riesig, man kann sie nicht anpassen, der Boden ist viel zu glatt, Larven haben teilweise sogar Probleme, sich zu verpuppen (daher kommt es in RGs nicht selten zu Nacktpuppen, bei Arten, die eigentlich Kokonpuppen haben -> Die Larven finden keinen guten Ansatz für ihre Spinnfäden), es ist gleichförmig überall fast gleich feucht/trocken/warm, statt dass es eine Abstufung gibt (im Normalfall: Nestoberfläche warm/trocken, tiefer Erdboden kühl/feucht), dies wäre aber für die korrekte Lagerung der Brut wichtig (Eier kühl/feucht, Larven/Puppen trocken/Warm), usw.,
Ergo ziehen viele Kolonien gerne aus dem RG aus, wenn sich eine Gelegenheit bietet - gerne auch dort hin, wo der Halter sie gar nicht brauchen kann 
Zwei Sachen noch zum Formicarium: Ich war erst verwirrt, habe dann aber gesehen, dass da ein Deckel auf einem Foto nebenan liegt. Grundsätzlich würde ich aber den Rand des Beckens noch zusätzlich absichern, z.B. mit Talkum. Wenigstens auf Dauer - irgendwann, wenn die Kolonie wächst, ist es nervig, wenn die Ameisen raus krabbeln wollen, wenn der Deckel offen steht. Bei der kleinen Kolonie wird das vermutlich nicht passieren, weil man sie noch gut unter Kontrolle hat.
Zudem solltest du die Samen/Körner bei einer kleinen Kolonie vorknacken, also einfach zerquetschen. Die kleinen Arbeiterinnen bekommen die harten Schalen quasi nicht auf - die tragen teils Unmengen Körner in ihr Nest, aber können damit Null anfangen (bis sie keimen). Die Kolonie wächst nicht, "obwohl doch immer Futter da ist!", wir haben das schon sehr oft gehabt.
Gutes Gelingen, wir stehen dir natürlich gerne zur Seite!